La Fontana Fraterna così come noi oggi la conosciamo fu edificata in Largo Concezione nel 1835 con i pezzi di due distinte fontane, una a cinque “butti”  attaccata all’atrio della Cattedrale e l’altra (rovinata dal terremoto del 1805) a tre “butti” esistente già in Largo Concezione. Si ignora da quale delle due fontane provenga la famosa quanto oscura iscrizione dei Rampiniani (Infatti, incastonata nella fontana Fraterna, in alto sul lato destro, vi è una pietra lavorata che contiene un’epigrafe ed uno stemma. L’epigrafe recita: FONS ISTE/CUIUS POSIT/RAMPINIANI/ME PARABIS; lo stemma è formato da uno scudo a rilievo con una croce uncinata e si ritiene che appartenesse alla famiglia Rampino).

Conosciamo invece la provenienza delle altre due iscrizioni d’epoca romana visibili nella Fontana Fraterna; come asserisce il canonico Vincenzo  Piccoli in un manoscritto del 1824 conservato nell’Archivio  di stato di Napoli, l’iscrizione lapidaria AE PONT “si vede nella fontana del mercato”, mentre l’altra epigrafe D.M.S. FUNDANIAE SECURAE PESCENNIUS SECURUS NEC IMMERITO, “esiste nella fontana della Concezione.
Mommsen, che fu ad Isernia nel 1844, osservò l’epigrafe AE PONT nella fontana della Concezione, ma nella sua straordinaria precisione, non mancò di annotare che essa proveniva dalla fontana del mercato. A questo punto dobbiamo ritenere che le nostre conoscenze sulla Fontana Fraterna vadano aggiornate; essa, infatti, ha avuto una vita travagliata. Fu edificata senza dubbio con materiale di spoglio proveniente dai monumenti d’epoca romana, ma anche con pezzi lapidei di epoche successive.
La Fontana Fraterna nel 1835 fu ricostruita nel largo della Concezione, utilizzando anche pietre di “altra antica fontana” posizionata sulla parete della Cattedrale sul lato nord appena dopo l’Arco di San Pietro; in quella occasione fu “alzata la facciata interna portandola all’altezza di palmi otto” (prima era di palmi sette) e fu allungata da palmi nove a palmi dieci.
Nel medesimo fascicolo dell’archivio storico comunale vi è anche tutta la documentazione riguardante altri lavori sulla famosa fontana: siamo nel 1889 (sindaco Enrico Cimorelli) e la fontana fu rimossa dalla piazzetta antistante la Chiesa della Concezione e collocata poco più in là, sulla Via Marcelli, “a ridosso della casa Leone”. In questo luogo si trovava il giorno 10 settembre del 1943, quando dal bombardamento aereo degli Alleati fu totalmente scompaginata; nell’immediato dopoguerra venne ricostruita riutilizzando tutti i suoi stessi pezzi, in un ambiente completamente stravolto dalla furia delle bombe. Un’ultima osservazione è d’obbligo fare circa questo insigne monumento che è il simbolo della città di Isernia: in tutti i documenti conservati nell’Archivio storico comunale la suddetta fontana viene sempre e dovunque chiamata “Fontana della Concezione”, mentre in alcuni documenti ottocenteschi è denominata “Faterna”, così come viene chiamata ancora oggi dalle persone anziane, dal nome dell’antica piazzetta; la dizione “Fontana Fraterna” compare solo nel XX secolo.
Ecco allora che la storia di questa monumentale fontana, annoverata anche dall’Enciclopedia Treccani fra le più belle d’Italia, è tutta da riscrivere, senza nulla togliere alla sua importanza storica, architettonica e simbolica.